Vier nieuwe verwanten coronavirus ontdekt bij wilde vleermuizen

Coronavirus Hoefijzerneusvleermuizen dragen SARS-CoV-2-achtige coronavirussen. Er zijn vier nieuwe verwanten van het pandemische virus ontdekt.

Hoefijzerneusvleermuizen zijn natuurlijke gastheren voor SARS-CoV-2-achtige virussen. Dit exemplaar (Rhinolophus pusillus) komt uit de collectie van Naturalis.
Hoefijzerneusvleermuizen zijn natuurlijke gastheren voor SARS-CoV-2-achtige virussen. Dit exemplaar (Rhinolophus pusillus) komt uit de collectie van Naturalis. Foto Naturalis Biodiversity Center

Nee, de directe voorouder van het coronavirus SARS-CoV-2 is nog niet gevonden. Maar onderzoekers komen wel stapjes dichterbij. Het coronavirus RpYN06 lijkt genetisch in ieder geval net iets meer op het virus dat nu de pandemie bij mensen veroorzaakt dan de vorige kandidaat RaTG13. De overeenkomst van het nieuwe virus met SARS-CoV-2 komt nu uit op 97,17 procent – bijna een half procent meer dan het oude nabijheidsrecord, schrijven Chinese onderzoekers in het vakblad Cell.

Op de keper beschouwd zou RpYN06 op plek twee moeten eindigen na RaTG13, omdat het totale genoom juist een paar procent minder gelijkenis met het menselijke coronavirus vertoont (94,48 in plaats van 96,10 procent). Maar de onderzoekers redeneren dat ze voor een evolutionaire vergelijking de code van het spike-gen niet hoeven mee te rekenen, omdat dat door combinatie van verschillende virussen in SARS-CoV-2 terecht gekomen kan zijn. Zo komen de auteurs met wat creatief rekenen aan een nieuw record.

Vleermuismest

De meerwaarde van het onderzoek zit meer in de observatie dat SARS-CoV-2-achtige virussen op onverwacht grote schaal circuleren in verschillende soorten hoefijzerneusvleermuizen. Het virus RaTG13 werd in 2013 één keer gedetecteerd in een monster van de hoefijzerneusvleermuis Rhinolophus affinis, gevangen in de Mojiang-mijn in Tongguan in de provincie Yunnan. Die vondst leek haast een toevalstreffer, zo’n enkel virus dat gedurende jaren bemonsteren van vleermuizen in dezelfde mijn toch slechts één keer gezien werd. Het onderzoek van virologen in de mijn was begonnen nadat zes mijnwerkers in de zomer van 2012 plotseling ernstige longontsteking hadden gekregen nadat zij vleermuismest hadden geruimd. Drie van de mannen overleden, zonder dat duidelijk werd wat de oorzaak van hun ziekte was. Met de dodelijke uitbraak van SARS in 2002 nog in het geheugen, begonnen de virologen uit Wuhan een langlopend onderzoek naar virussen bij vleermuizen in de mijn. Het virus dat zij in 2013 aantroffen kreeg weinig aandacht omdat het niet nauw verwant was aan SARS. Dat veranderde in 2020 toen duidelijk werd dat het wél verwant was aan SARS-CoV-2.

De nauwe verwant van het pandemische virus die nu is ontdekt, RpYN06, komt uit een andere soort hoefijzerneusvleermuis, Rhinolophus pusillus. De ontdekking was opnieuw in de provincie Yunnan, maar nu in de botanische tuin van Xishuangbanna (zo groot als een natuurpark) in de buurt van de grens met Laos.

Behalve RpYN06 troffen de onderzoekers nog drie SARS-CoV-2-achtige virussen aan bij in totaal negen hoefijzerneusvleermuizen behorend tot drie verschillende soorten. De monsters zijn recent verzameld, tussen mei en juli 2020. Samen met de vondst van een SARS-CoV-2-achtig virus in juni 2020 in Thailand maakt dit duidelijk dat virussen die verwant zijn aan het pandemische virus nog altijd circuleren bij wilde vleermuizen, schrijven de onderzoekers. Overigens troffen ze in de 411 verzamelde monsters van 381 vleermuizen ook nog eens drie verschillende SARS-achtige virussen aan.

Jagen in het bos

Vele soorten hoefijzerneuzen kunnen SARS- en SARS-CoV-2-achtige coronavirussen bij zich dragen die per locatie van elkaar kunnen verschillen. Dat blijkt volgens de onderzoekers uit alle virusinventarisaties die tot nu toe gedaan zijn bij vleermuizen. Omdat het gaat om soorten die op insecten jagen in een bosrijke omgeving is het niet aannemelijk dat zij zich over grote afstanden verspreiden.

Tegelijk laat het onderzoek óók zien dat verschillende soorten vleermuizen een virus aan elkaar kunnen overdragen. Het areaal waarin naar de natuurlijke bron van SARS-CoV-2 moet worden gezocht beslaat volgens de onderzoekers een enorm gebied. Dat loopt van Indonesië tot aan Japan, gevormd door de overlappende leefgebieden van de verschillende soorten hoefijzerneuzen. De hotspot, met soms wel 23 soorten hoefijzerneuzen tegelijk op één plek, bevindt zich in het gebied Laos, Vietnam en het zuiden van China.