Snel de oorzaak ebola-uitbraak kunnen vinden

De ebola-uitbraak toont ons momenteel wat er gebeurt als de verspreiding van een ziekte niet goed wordt begrepen: de patiëntenaantallen nemen bijna exponentieel toe en in wanhopige pogingen de besmettingen in te dammen worden willekeurig mensen in quarantaine geplaatst. Volledige Afrikaanse dorpen zijn (waarschijnlijk onterecht) afgesloten uit angst voor het virus. U heeft de beelden en de wanhoop ongetwijfeld voorbij zien komen op televisie.

In Nederland hebben we geen ebola. Hier bestrijden we vooral resistente ziekenhuisbacteriën. Zodra we er bij een patiënt een vinden, trachten we te achterhalen waar deze vandaan komt. De bron wordt zo mogelijk opgespoord, andere patiënten worden gescreend en isolatiemaatregelen volgen. Het werkt aardig, maar er blijft genoeg ruimte voor verbetering.

Vaststellen hoe een bacterie zich heeft verspreid, gebeurt tot nog toe namelijk op basis van grove gelijkenissen: met DNA-bandjes die op het oog worden beoordeeld, of door minder dan één procent van het chromosoom van bacteriën te vergelijken.

In de praktijk kunnen deze technieken overdracht tussen twee patiënten alleen uitsluiten – nooit aantonen. „De bacterie van patiënt A lijkt op die van patiënt B, dus misschien hebben ze elkaar besmet.” Of: „De bacterie van patiënt C lijkt op een bacterie die in zijn kipfilet werd gevonden, dus misschien heeft hij hem met zijn eten binnengekregen.” Soms wordt er gewoon gegokt: „Patiënt D en patiënt E kennen elkaar, dus ...”

Binnenkort is dit anders. Nieuwe technieken maken het mogelijk goedkoop het DNA van een bacterie te ontcijferen, het zogenaamde whole genome sequencing (WGS). Onderzoekers kunnen op deze manier de exacte verspreiding van ziekteverwekkers in kaart brengen. Bacteriën muteren voortdurend langzaam, zo voegen ze steeds extra veranderingen aan hun DNA toe. Deze veranderingen kunnen we volgen: van patiënt A naar patiënt B naar patiënt C, met tussendoor één of twee mutaties.

De eerste epidemiologische studies met WGS die het afgelopen jaar zijn gepubliceerd, hebben aangetoond dat besmettingen vaak heel anders lopen dan wij denken. Sommige micro-organismen werden door patiënten onverwacht van thuis meegenomen, andere bleken jarenlang een ziekenhuis te teisteren zonder dat iemand zich er druk over maakte.

Het scheelt een hoop infecties, werk en kosten als je deze verspreidingen begrijpt en daarmee je aandacht kunt richten op de juiste micro-organismen. De kosten van WGS (momenteel grofweg honderd euro per bacterie) moeten nog iets verder dalen. En dan zullen we het in de praktijk gaan inzetten om epidemieën een halt toe te roepen.