Veel DNA-studies van bacteriën vervuild

Onderzoekers vinden soms DNA van vreemde bacteriën op rare plekken. Er rijzen twijfels: die bacteriën zijn misschien vervuiling.

Bacteriën in de hersenen van hiv-patiënten? Bacteriën uit plantenwortels die in zeldzame gevallen darmontsteking veroorzaken? Dit soort ‘biologisch onverwachte’ bevindingen, vaak gepubliceerd in gedegen wetenschappelijke tijdschriften, zouden er wel eens naast kunnen zitten. Het DNA van de ‘vreemde bacteriën’ is mogelijk afkomstig van vervuiling in de laboratoriumchemicaliën of van per ongeluk overgesprongen bacteriën van de huid van de onderzoekers zelf.

Dat schreven onderzoekers onder leiding van microbioloog Alan Walker van het Sanger Institute voor genoomanalyse in Hinxton, Groot-Brittannië gisteren in het blad BMC Biology. De genetische technieken om bacteriën op te sporen en te identificeren zijn tegenwoordig zo gevoelig, schrijven ze, dat ieder spoortje van vervuiling onmiddellijk wordt uitvergroot.

Ze spreken uit eigen ervaring. Het team van Walker zette alle bacteriesoorten op een rij die zij in vier jaar tijd in hun lab voorbij zagen komen in de controle-monsters bij de genetische analyse van menselijke monsters van bacterieflora. Let wel, het ging hier dus om de DNA-analyse van buisjes met alleen water en chemicaliën. Toch vonden zij daarin opgeteld niet minder dan 270 verschillende soorten bacteriestammen. Meestal waren het gewone bodem- of oppervlaktewaterbacteriën, soms ook bekende huidbacteriën.

De bron van de bacterievervuiling kunnen de onderzoekers zelf zijn wanneer zij de monsters bij het verzamelen en tijdens de hele analyse onzorgvuldig hanteren. Maar de vervuiling kan ook in de chemicaliën zitten waarmee het DNA van bacteriën wordt vermenigvuldigt om het makkelijker te kunnen analyseren. Zelfs het water dat laboratoria gebruiken bij de behandeling van monsters kan een bron van besmetting zijn.

„Het is een bekend probleem”, reageert hoogleraar microbiologie Willem de Vos in Wageningen, „Je moet er altijd op verdacht zijn dat dit kan gebeuren”. Zelf laat hij daarom controles meelopen in zijn experimenten. „Veel van de hier aangekaarte problemen waren al anekdotisch gepubliceerd. Maar het is goed dat dit nu in zo’n mooi overzicht onder de aandacht wordt gebracht.”

Volgens Walker blijkt in de praktijk echter dat veel microbiologen hiermee echter te weinig rekening houden. Hij citeert een hele reeks recente publicaties, uiteenlopend van bacterieonderzoek in de atmosfeer, in ruimteschepen tot aan de kolonies die groeien in getransplanteerde longen en de gaten in de kaak die overblijven na het trekken van kiezen en tanden. Telkens ontbreekt hier de genetische analyse van blanco controles, wat dus essentieel kan zijn voor een juiste interpretatie.

Vooral bij monsters waarin maar heel weinig bacteriën zitten, kan de vervuiling al gauw de daadwerkelijke samenstelling vertekenen. Walkers team toonde dat elegant aan in een experiment waarbij zij een puur monster van een Salmonella bongori-bacteriecultuur in vijf stappen verdunden. De reeks lieten zij in drie verschillende laboratoria analyseren. Telkens bleek dat naarmate de Salmonella-cultuur verder verdund was er steeds meer bacteriestammen uit de achtergrond naar voren kwamen. Welke soorten dat waren bleek samen te hangen van het merk chemicaliënkit dat was gebruikt.