Nederlandse ‘DNA-atlas’ toont een honkvast volk

Wenteltrap in de researchtoren van het UMC Radboud van de Universiteit Nijmegen. De trap heeft de vorm van een DNA molecuul, dubbele helixstructuur. Foto NRC / Flip Franssen

Het DNA van Nederland ligt op tafel. Biobanken, UMC’s en andere onderzoeksinstituten uit Nederland hebben het complete genenpakket van honderden Nederlanders uitgelezen en beschreven. Nederland is het eerste land waarin het DNA van een bevolking op deze schaal in kaart is gebracht.

De deelnemers aan het project waren 769 ouders en kinderen uit 250 gezinnen. De onderzoekers bepaalden de volgorde van alle 3 miljard ‘letters’ (A, C, G of T, de bouwstenen van DNA) in hun genoom.

Een dozijn Nederlandse onderzoeksinstituten hebben zich in een nationaal samenwerkingsverband verenigd om deze DNA-atlas te maken. Het consortium werkte vier jaar lang aan het project. Vandaag beschrijven zij de eerste resultaten in Nature Genetics.
Het project maakt de genetische geschiedenis van Nederland zichtbaar.

DNA-varianten bleven binnen provinciegrenzen

Zo blijken Nederlanders een honkvast volk. DNA-varianten die in de laatste paar eeuwen ontstonden, bleven vooral binnen provinciegrenzen. Voor Noord-Brabant en Overijssel geldt dat het meest.

Mensen uit historisch rijkere delen van het land, zoals Utrecht en Zuid-Holland, delen meer DNA-varianten met mensen uit andere provincies. Een gevolg van urbanisatie: mensen uit het hele land trokken naar de grote steden en namen hun genen mee.

In de figuren hieronder staat de effectieve populatiegrootte per provincie, berekend op basis van de diversiteit van het DNA van huidige inwoners van die provincie (meer diversiteit betekent grotere bevolking)

De bovenste grafiek toont de populatiegrootte van een paar duizend jaar geleden. In Zuid-Nederland leefden meer mensen dan in Noord-Nederland. Die daaronder toont de populatiegrootte in recente eeuwen. Noord- en Zuid-Holland zijn genetisch diverser, omdat mensen uit het hele land naar de grote steden trokken en hun genen meenamen.

Voor millennia oude DNA-varianten zagen de onderzoekers een ander patroon. Nederlanders delen stokoude DNA-varianten vaker met mensen uit Groningen en Friesland, ongeacht uit welke provincie ze zelf komen. Overstromingen dwongen noordelijke kustbewoners het land weer in te trekken. Zo raakte hun DNA vermengd met dat van de bewoners landinwaarts, denken de onderzoekers.

een gencatalogus van Nederland

Verder is het Genoom van Nederland een genencatalogus die genetici helpt in te schatten of een genvariant normaal of zeldzaam, schadelijk of ongevaarlijk is.

Ieder mens draagt unieke DNA-varianten in zijn genoom. Sommige van die mutaties zijn lang geleden ontstaan en zijn inmiddels veelvoorkomende varianten geworden, die bij verschillende mensen op precies dezelfde plek in het DNA kan worden teruggevonden. Andere zijn recent ontstaan en zijn misschien uniek voor een familie, gezin of persoon.

Veel diversiteit met unieke varianten

Genetici hadden tot nu toe nog nauwelijks zicht op die variatie. In het Nederlandse DNA-project zijn weer miljoenen nieuwe DNA-varianten boven water gekomen. “Hét genoom van Nederland bestaat natuurlijk niet”, zegt Paul de Bakker van UMC Utrecht en coördinator binnen het Genoom van Nederland over het project:

“Wij zagen ontzettend veel diversiteit tussen individuen. Met elke persoon waarvan we het genoom bepaalden, vonden we weer nieuwe, unieke varianten.”

Het Genoom van Nederland beslaat 50 terabytes aan DNA-data (1 terabyte is 1024 gigabyte). Het DNA is door machines in China uitgelezen. Per harde schijf gingen de gegevens naar Nederland retour – dat was betrouwbaarder dan de gegevens digitaal versturen.

    • Lucas Brouwers