Enorm DNA-pakket van Amerikaanse den ontcijferd

Dennebomen hebben zeven tot tien keer zoveel DNA als een mens. Voor het eerst is zo’n enorme DNA-code in groot detail ontcijferd. De Amerikaanse den Pinus taeda is ook recordhouder voor ‘het grootste in kaart gebrachte genoom ooit’, maar vooral de compleetheid valt op.

Het DNA-pakket van de Amerikaanse den Pinus taeda telt 22 miljard baseparen (‘letters’). De mens heeft er 3 miljard.

Een groot team van Amerikaanse genetici publiceerde de resultaten donderdag in drie artikelen in Genetics en Genome Biology. Om de code van de boom te kraken, ontwikkelden ze nieuwe software.

Er zijn veel dieren en planten die heel veel DNA hebben. Zo is er een longvis met 139 miljard DNA-letters, en een Japanse bloem met 149 miljard letters.

Dat het tot nu toe onmogelijk is om hun DNA-code te lezen belemmert allerlei modern biologisch onderzoek aan zulke DNA-rijke soorten. „Dit bereidt de weg voor de reconstructie van nog grotere genomen”, zei de hoofdredacteur van Genetics in een persbericht.

Vorig jaar werden ook al twee soorten ‘gesequenced’ met heel grote genomen, door andere teams. Dat waren sparren, ook naaldbomen dus. Die sparren hadden ongeveer even grote genomen als deze Pinus (iets kleiner: 18 en 20 miljard baseparen). Maar in die codes konden de genen van de bomen minder goed worden teruggevonden.

De Amerikaanse auteurs van de nieuwe studie noemen de set van deze drie eerste naaldbomen „de basis voor de genomics van naaldbomen”. Naaldbomen staan bekend om hun grote, lastige genomen. Hun genen – niet eens opmerkelijk veel – liggen verspreid tussen een heleboel genetische ‘rommel’. Ook met nieuwe software was niet goed te bepalen hoeveel genen Pinus taeda heeft. Ruim 50.000 genen konden in de DNA-code worden aangewezen, maar er zijn er vast wel 60.000.