Dark matter uit een putje

Hij leefde in de slijmerige aanslag in een afvoerputje in een ziekenhuis. De bacterie TM6SC1. Eindelijk zijn nu bijna al zijn genen bekend. Hij hoort tot de beruchte bacteriegroep TM6. Dat zijn bacteriën die over de hele wereld verspreid leven. In grotten, vervuild grondwater, zoutophopingen, waterzuiveringsinstallaties, veen.

De wetenschap kreeg er geen greep op, want het zijn bacteriën die niet in een labschaaltje willen leven. Hoeveel van die bacteriën er zijn weet niemand. Microbiologen noemen dat the dark matter of life, analoog aan de onvindbare donkere materie in het heelal.

De Amerikaan Jeffrey McLean, met een twintigtal collega’s waaronder de vermaarde genenjager Craig Venter, heeft de genen van TM6SC1 in kaart gebracht met een DNA-techniek waarmee tegenwoordig meer van die ‘donkere-materiebacteriën’ en virussen worden gevonden. Uit de genen leiden ze af, schrijven ze in PNAS, dat TM6SC1 niet op eigen kracht kan leven, maar alleen in symbiose. Waarschijnlijk met een amoebe. Dat kan verklaren waarom de bacterie niet in zijn eentje in het lab te kweken was.