Dit is een artikel uit het NRC-archief
Bekijk hele krant

NRC Handelsblad

Zorg

Bacteriën die lang genegeerd werden hebben veel interessante genen

Stamboom van alle bacteriën waarvan het genoom bekend is. Illustratie J. eisen Nature 462, 1056 (2009). doi:10.1038/nature08656
Stamboom van alle bacteriën waarvan het genoom bekend is. Illustratie J. eisen Nature 462, 1056 (2009). doi:10.1038/nature08656 J. Eisen

In obscure micro-organismen is veel nieuws te vinden. Maar liefst 1.768 nieuwe typen genen vonden onderzoekers bij het ontrafelen van de genomen van 56 onbekende microben (Nature, 24 december). Een ‘nieuw type gen’ is een gen dat nog niet in andere levensvormen is beschreven. Het codeert dus voor een onbekende soort eiwit.

De stamboom van bacteriën is, zoals hiernaast te zien is, nogal complex. En dan bestaan er naast de bacteriën nog de archaea – micro-organismen die op bacteriën lijken maar dat niet zijn. In totaal zijn er naar schatting 150 miljoen soorten micro-organismen. In de stamboom hiernaast staan de bijna duizend bacteriën waarvan het hele genoom inmiddels is uitgespeld.

De 53 soorten in rood zijn nieuw: die deden mee in het project van Amerikaanse en Duitse biologen (3 van de 56 nieuwe genomen waren van archaea). De onderzoekers wilden gaten dichten in de stamboom. Die was tot nu toe bovenmatig gevuld met menselijke ziekteverwekkers, en bekende labbacteriën zoals Escherichia coli. Het onderzoeksteam selecteerde 200 andere soorten voor hun Genoom Encyclopedie van Bacteriën en Archaea (GEBA). Het zijn vertegenwoordigers van obscure stamboomtakken, die in het lab te kweken zijn. Nature bericht over de eerste 56.

Een vreemde vondst is een gen dat codeert voor iets dat op actine in de zeebacterie Haliangium ochraceum. Actine is een eiwit dat cellen met een kern in vorm houdt – het zorgt dat spieren kunnen samentrekken. In bacteriën komt het niet voor, dacht men.

Om écht een goed beeld te krijgen van de microbiële diversiteit, tekent onderzoeker Eisen aan, moeten ook de onkweekbare soorten geanalyseerd worden. Dat kan nog niet. Hester van Santen