Amerikanen bouwen goedkope dna-sequencing

Een nieuwe methode voor het ontcijferen van DNA-volgordes is snel en makkelijk zelf te bouwen uit losse onderdelen voor nog geen 140.000 dollar. Een team van genetici van Harvard Medical School en Washington University ontwikkelde deze zogeheten `Multiplex Polony Sequencing'-methode (Science online, 4 aug).

Bij deze nieuwe techniek wordt het te onderzoeken DNA door enzymen in kleine stukjes geknipt en vervolgens vermeerderd in een zogeheten emulsie-polymerasekettingreactie. De emulsie (een mengsel van water en olie) vormt in feite talloze van elkaar gescheiden kleine reactievaatjes waarin specifiek één DNA-fragment wordt vermeerderd. Na een opzuiveringsstap wordt alles vast gelegd in een dunne gel. Vervolgens kan van twee kanten de identiteit van de basen worden afgelezen door er vier verschillende fluorescerende stoffen op los te laten. De fluorescerende stoffen zijn ieder gekoppeld aan een stukje DNA dat specifiek vasthecht op een bepaalde base. Zo verraadt de kleur de identiteit de base (A, T, G of C). Met een lichtmicroscoop kan een foto gemaakt worden van de duizenden gekleurde vlekjes in de gel, die door de computer ganalyseerd kunnen worden.

De mulitplex polony sequencing is zeer nauwkeurig, met een foutenmarge van één op de miljoen. Dat maakt de techniek uitermate geschikt voor het parallel sequencen, om verschillen tussen individuen op te sporen. De kracht van de nieuwe techniek ligt daarnaast vooral in de prijs. De volgordebepaling van DNA ligt nu op ruwweg één dollar per base, maar kan met de nieuwe techniek worden teruggebracht naar 8 dollarcent per base.

    • Sander Voormolen