De 65-jarige Ba'asyir werd medio oktober 2002 opgepakt, enkele dagen na de bomaanslagen op Bali waarbij 202 mensen, meest buitenlandse toeristen, werden gedood. Afgelopen september werd hij tot vier jaar gevangenisstraf veroordeeld wegens betrokkenheid bij staatondermijnende activiteit en overtreding van de immigratiewet. Maar de hoofdmoot van de tenlastelegging, poging om de wettige regering omver te werpen en in Indonesië een islamitische staat te vestigen, achtten de rechters niet bewezen.
In december oordeelde een rechtbank in hoger beroep vervolgens dat Ba'asyir evenmin schuldig was aan verraad. Zijn straf werd toen verminderd tot drie jaar cel wegens geknoei met identiteitspapieren.