FRUITVLIEGFOUTEN

De genetische code van het fruitvliegje Drosophila melanogaster die het bedrijf Celera Genomics een jaar geleden met veel fanfare in Science publiceerde, bevat nog vele fouten. Dat zegt een groep wetenschappers onder leiding van Samuel Karlin van de Stanford University in Californië (Nature, 17 mei). De conclusie komt voort uit onderzoek waarin zij de DNA-codes van Celera vergelijken met de DNA-codes die horen bij 1049 bekende fruitvliegeiwitten. Deze controlecodes komen uit de openbare SwissProt-databank.

Een kwart van de codes kwam exact overeen met de Celera-codes, een ander kwart had 99 procent gelijkenis en dezelfde lengte. Maar bijna de helft van de onderzochte sequenties was meer dan een procent onnauwkeurig en bevatte verkeerde basen, en grote en kleine toevoegingen en weglatingen. Volgens Karlin en zijn medewerkers heeft dat grote gevolgen voor het onderzoek aan eiwitten op basis van de in kaart gebrachte DNA-sequenties (een vakgebied dat bekend staat als `proteomics'). Het is onwaarschijnlijk dat de fout ligt bij het SwissProt-materiaal en niet bij Celera, omdat de vaststelling van de eiwitcodes veel robuuster is dan die van de DNA-volgorde op de Celera-manier.

In een reactie wijst Celera erop dat de studie in Nature slechts een brief communication betreft en geen volledig artikel. En Gerry Rubin, een onderzoeker van het Howard Hughes Medical Institute in Berkeley die samen met Celera de Drosophila-kaart opstelde, vatte het in New Scientist juist positief op: ``Vijftig procent goed, dat zie ik eerder als een compliment dan als kritiek.'' Volgend jaar verschijnt er volgens Rubin een herziene versie van het fruitvlieggenoom die voor 75 procent accuraat zal zijn.

De vele fouten in de genoomkaart van het fruitvliegje wekt volgens Karlin c.s. nu ook twijfel aan de nauwkeurigheid van de menselijke genoomkaart die Celera opstelde. Celera's werkwijze voor het samenstellen van de basenvolgorde van complete genomen, de `shotgun'-methode, is omstreden in de wetenschappelijke kringen. Deze methode is snel maar er kunnen ook meer fouten ontstaan doordat stukjes verkeerd aan elkaar worden gelegd.

Saillant is dat Karlin zijn artikel eerst bij Science had aangeboden, het tijdschrift dat zowel Celera's fruitvlieggenoom als de commerciële versie van het humane genoom publiceerde. Maar nadat zij het na vijf maanden overweging besloten het niet te publiceren, bood Karlin het bij Nature aan. Met succes.